Üsküdar ilçesi Bağlarbaşı semtinde bulunan okulumuz 1894 yılında Fransızlar tarafından "Saint Marie Fransız Okulu" adıyla hizmete girmiştir. İlk yapısı ahşap olup şimdiki kâgir yapı 1904'de inşa edilmiştir. Okul, I. Dünya Savaşı'nda Fransızlardan alınarak "Cem Sultan" adı verilmiş ve barıştan sonra tekrar Fransızlara devredilmiştir. 23 Haziran 1934 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığı tarafından alınan bina, "48. Mektep" adıyla eğitim ve öğretime açılmış ve 1948'de Bağlarbaşı İlkokulu ismini almıştır. Binanın arkasında ve binaya bitişik olarak, tek katlı, birbirinden bağımsız odalardan oluşan bir yapı daha vardır. Ek bina olarak kullanılan bu bina, okulun güney batı istikametinde uzanır. Kapı ve pencerelerin tümü tuğla sövelidir. Ek binada okulun; Kantini, Yemekhanesi, Konferans Salonu, Çok Amaçlı Salonu, Mescidi ve deposu mevcuttur. Okul binası yeterli gelmeyince, 1968 yılında şu an eğitim ve öğretim hizmetini sürdürmekte olduğu yeni bina yapılmış, aynı yıl eğitim ve öğretime açılmıştır. Okul 1993'de sekiz yıllık eğitimle birlikte ilköğretim okulu olmuş, 2010 Haziran ayında güçlendirme çalışmasına alınmış; elektrik su, doğalgaz tesisatı yenilenmiş ve 2013'de yeniden ilkokula dönüşmüştür.
2005 yılına yaşanan yangından sonra, 2006'da başlayan tadilat çalışmaları ile tekrar kullanılabilir duruma getirilen tarihi bina aynı yıl Üsküdar ilköğretim Okulu ve Özel Eğitim İş Okulu olmuş 2007-2008 eğitim Öğretim Yılı başında Bağlarbaşı İlkokulu'ndan ayrılmıştır. Sonrasında Halk Eğitim Merkezi olarak kullanılan bina günümüzde Beylerbeyi Sabancı Olgunlaşma Enstitüsü olarak faaliyetine devam etmektedir.
1965'de öğrenme güçlüğü çeken öğrenciler için özel eğitim sınıfı, 1989'da ise ana sınıfı eklenmiştir. Özel eğitim sınıfı ve ana sınıfları ile eski binada 2005 yılına kadar hizmet verilmiş; aynı yıldan itibaren çıkan yangından sonra ana sınıfı ve özel eğitim sınıfı yeni binaya taşınmıştır. Yeni bina 643 m2 üzerine kurulu olup, iki blok ve üç kattan oluşmaktadır. Bu binada toplam 21 derslik, 3 idari oda, 1 Öğretmenler Odası, 1 Memur Odası, 1 Aile Birliği Odası, 1 Rehberlik Odası, 1 Arşiv ve 1 Kütüphane bulunmaktadır. Ayrıca eski binanın uzantısı olan bölümünde ise; Kantin, Yemekhane, Konferans Salonu, Çok Amaçlı Salon, Mescit ve depo bulunmaktadır.
Okulumuz bünyesinde bulunan 2 derslik ve 4 şubeli ana sınıfı, 19/07/2022 tarihinde yine okulumuz bünyesinde kalmak kaydıyla bağımsız anaokuluna dönüşmüştür. Bağlarbaşı Üsküdar Anaokulu ismiyle, sabahçı-öğlenci olarak faaliyetine devam etmektedir. Anaokulumuzda 1 Müdür Yardımcısı, 4 Öğretmen bulunmaktadır.
Okulumuzda öğretmenlik yapan ünlü isimlerden biri, edebiyat tarihçisi Mustafa Nihat ÖZÖN (1896-1981) dür.
Yolu okulumuzdan öğrenci olarak geçen ünlü isimler ise;
.Şair, yazar, milletvekili Ali Canip YÖNTEM (1887-1967)
